在陆军部指挥国防军，实际上现在国内明眼人都知道，挂在总统府名下的总参才是李大总统认可的‘陆军部’。
手上权力被架空，段总长自然是一肚子火气。可偏偏他还不能一怒辞职，因为他知道大总统估计眼巴巴的就等着他主动辞职呢，因为他辞职了，便可以正大光明的绕开南北和谈时的密约，将自己的心腹扶上陆军总长的位子，所以就算心里有气还要忍着。
最近总统府频繁地调动各地驻军，也是段总长火气旺盛的一个原因。按照当初南北和谈时的密议内容，如果中枢想调动北洋第一军跟第二军的兵力，必须取得他段祺瑞跟冯国璋等几位北洋将领的同意。自日本向政府递交了外交抗议书之后，李大总统便分别向他跟南京的冯国璋提了意见，提到因为国防军新编部队的战斗经验不足，希望能够从第一军跟第二军中各抽调两个师北上。北洋系如今总共还余留下八个师的兵力，可以说他这一下便要拿去一半，虽然承诺为北洋系增加四个师的编制并补给军备跟饷银，但深知‘肉包子打狗有去无回’的段冯两人先后以各种借口拒绝了他的征调。
虽然相交不久，但新总统最近几个月来一直都在推行‘削藩’，段总长虽然拒绝了李大总统的征调，但随后心里一直十分不安，担心新总统还要拿