只可惜，蔡元培一人是很难改变整个国家的落后思想，甚至他的提案在国会内的一些国民党议员都不愿意支持他，结果支持他的都是些接受过西式教育并出国留过学的议员跟总统派系的国会议员。
只是第三次提交草案后，虽然已经得到了四成多议员的支持，但依旧不足通过法律所需的三分之二议员席位。‘大学改制草案’第三次流产！
第三次向国会递交草案未通过后，蔡元培与仍保留封建守旧思想的保守派之间的冲突已经白热化，进步党籍众议院议员张宗申提议弹劾蔡元培，仅仅不足半月便在众议院得到广泛支持，3月27日众议院投票表决中，超过65%的议员对弹劾教育部总长蔡元培投了赞同票，其中仅国民党籍议员便有41位。
李汉乐得看到国民党内部分裂，同时也欢喜为国会找到了活儿，免得一群精力充沛的国会议员总是逮着他不放，不时攻击他的施政跟军队扩建法案。因此于3月31日，下达总统令驳回国会弹劾，拒绝更换教育部总长提名。他公然打出‘自民国建立以来，从未有官员因为国奔劳，革改法案、章程获罪’的名儿，并怒指国会违反宪法干涉政府运作，拒绝免除教育部总长蔡元培。
为了更好的安抚已经顶不住国内铺天盖地的指责声，有隐退