些明显损失的，是萨伏那洛拉对教会和教皇本人无情的批评和挑衅。
在萨伏那洛拉看来，导致堕落的一切根源是那些庸俗糜烂的文化与奢靡挥霍的享受，而这一切堕落罪恶的代表就是身为教皇的亚历山大六世！
于是在很多民众聚会的场合和公开布道中，他不止一次的公然批判亚历山大六世的过错，甚至有时候他毫不客气的把亚历山大六世和他的那些孩子们称之为“基督的毒瘤”。
面对如此的指摘，在一次次的示好甚至许下众多丰厚承诺却依旧没有得到回应后，终于被彻底激怒的亚历山大六世决定教训一下这个费拉拉医生家出来的臭小子。
他先是给佛罗伦萨修道院派出了另外一位院长，试图以此分化萨伏那洛拉对这座拥有巨大影响的修道院的权力，然后又下令强行命令萨伏那洛拉担任一个偏远地方的修道院院长。
只是他的这一连串举动都没有能对萨伏那洛拉产生什么影响，因为修道院不愿意让他走，而佛罗伦萨的的民众更是公开反对教皇的这个命令！
萨伏那洛拉最终还是留在了佛罗伦萨的修道院，而且也就是从那个时候开始，他与亚历山大六世不但彻底的公开决裂，甚至伴随着美蒂奇家族被赶下台，整个佛罗伦萨都彻底摆脱了