东阳等拒绝中旨，安然无恙，也是合法之证明。《明会要》卷三十《职官二》：万历末，帝“遣内使至工部侍郎林如楚私寓宣敕旨，以奉御汪良德奏准修咸安宫也。辅臣言‘明旨传宣，定例必由内阁下科臣，然后发钞。若不由内阁，不由科发，不经会极门（紫禁城南部通往内阁之门），不由接本官，突以二竖传宣（中旨）于部臣之私寓，则从来未有之事。向来（如君主）建议诸臣，以旨从中出，犹且虑之，况臣等竟不与闻乎？’不省”。这就是说，不先经票拟的中旨只是皇帝个人意见，随意性大，容易出错（故“犹且虑之”），所以早已定例必下内阁，由内阁决定是否奉行。奉行，则通过六科给事中，依正常途径下达；不奉行，大概便得封还中旨。不经内阁，皇帝迳下中旨传宣部臣执行，则是违例的。由此可见，明代皇帝虽有时迳下中旨处理政务，似乎由他独断专行，实际上并不合乎惯例、制度，皇帝自己心理上大概也得承受很大负担，怕成不了“明君”，所以明神宗对阁臣的抗议，只得以“不省”了之。反过来也就证明，一般情况下，必得受内阁的限制。
第三，和内阁相配合，还有六科给事中也在制度上直接起着限制皇权的作用。按给事中唐宋本属门下省，金废门下省，明初设六科（吏、户、礼、兵、