随着时间推移发生的变异。图中显示，约728年前有一个菌种分支大量变异，与黑死病爆发时间相近。
黑死病是由鼠疫耶氏菌引起，主要是从寄生在老鼠身上的跳蚤传播到人体，患者的皮肤会因皮下出血而变黑。14世纪的黑死病爆发是人类历史上最严重的瘟疫之一，它改变了欧洲的社会结构，动摇了当时支配欧洲的罗马天主教教会的地位。
此外，鼠疫耶氏菌还引起了另外两次大规模瘟疫。一次是爆发于6世纪拜占庭帝国君主查士丁尼统治时期，持续了4个月，夺走君士坦丁堡近半人口的生命。还有一次爆发于19世纪后期的中国，当时瘟疫沿着从香港驶出的航线传播，于1900年蔓延至美国旧金山。研究人员还表示，导致1409年非洲地区黑死病蔓延的菌株分布地区，与郑和下西洋的路线吻合，推断该菌株是由混入船队中的老鼠传入的。
据报道，研究团队中的病理学家表示，虽然瘟疫来自中国，不过这与当时的中国人口并无关联，而是源自在中国土地上跑来跑去的老鼠等小动物。因为黑死病病菌对人类“没兴趣”，它们通常会寻找老鼠或土拨鼠等进行感染，让人类感染并死去属于“意外”。
据北京大学国际关系学院博士生孙力舟介绍，黑海之滨的克里米亚