自己作的字画及亲笔题字赐给刘正宗，御府图书题跋也多出自其手。江山换了主人，大臣却还有不少是前朝旧臣，“南北各亲其亲，各友其友”，冯铨和刘正宗成为北方派系大臣的首脑人物，党争依旧在延续。
冯铨及其党羽孙之獬（山东淄川人）是北京城最早剃发迎降的明臣，素为众人所不齿。以陈名夏、龚鼎孳为首的南方官员弹劾冯铨是前朝阉党余孽（冯铨曾在天启年间依附大宦官魏忠贤，爬到大学士之位）。冯铨则反唇相讥，揭发龚鼎孳曾经投降过闯王李自成，“竟为北城御史”。当时掌管朝政大权的睿亲王多尔衮问起此事是真是假，龚鼎孳竟然回答说：“岂止我龚鼎孳一人，何人不曾归顺？魏徵亦曾归顺唐太宗。”气得多尔衮大骂说：“龚鼎孳自比魏徵，而以李贼比唐太宗，可谓无耻！”当时汉人高官如洪承畴等均是南方人，冯铨一度处在下风。不过多尔衮权衡利弊后，公开支持了冯铨一派，却也未贬斥南方籍大臣，表面上对南北两方的争斗采取了不偏不倚的态度。但是当时南方籍大臣陈名夏勾结部分满人贵族，专权达到了令朝野侧目的程度，冯铨、刘正宗等北方派系大臣自然没有好日子过，尤其是冯铨，基本上是在南方大臣的不断参劾中度日，弹劾冯铨竟然成了南北党争的中心内容。