三年（1808）中进士，以即用知县分发到江苏候缺。到江苏赴任不久，李毓昌便赶上了江苏水灾，于是奉命以查赈委员的身份前往山阳县查赈。
这一年，李毓昌刚好三十六岁，这是他人生中第一次步入仕途。从奉委之初，他就决定要秉公办事，消除侵冒，做个廉明的“清官”。同行的十名官员中，自有人年纪比他小、学问比他差，但论到官场的潜规则，他却着实是个新手。一进入山阳境内，便能看到县内土地荒芜，农事凋敝，受灾百姓食不果腹、衣不蔽体，生活困苦。李毓昌不由得十分不安，愈发感到此行责任重大，恨不得长上翅膀，早日赶到山阳县衙了解放赈情况，而其他官员却无一例外地熟视无睹。
起初，李毓昌还频繁催促众人快行，但结果只招来众同行的白眼和冷言冷语。李毓昌的亲信长随李祥惯于见风使舵，立即向主人示意不要再说。不料李毓昌是个执拗的脾气，李祥反而由此招来了主人一顿呵斥。其他官员听到耳中，难免会觉得指桑骂槐了，更加觉得李毓昌不顺眼。幸好还是教谕（明清制度，府学设教授，州设学正，县设教谕，均为学官，负责教育生员）章家璘出面婉转劝解了几句，才没有令局面太过尴尬。但自此之后，除了章家璘外，其他人都与李毓昌主仆疏远了。