安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉庆皇帝面前。
前面已经详细讲过嘉庆皇帝当时内外交困的处境，他正为吏治腐败、朝廷官员贪风泛滥而焦头烂额，接到都察院呈递的李毓昌命案诉状后，当即火冒三丈，立即下了两道圣谕：一是命山东巡抚吉纶立即派精干大员到即墨把李毓昌尸棺运到省城详验；二是命两江总督铁保及江苏巡抚汪日章将山阳知县及有关人证火速解京，由军机大臣会同刑部直接审讯。为了防止出现类似之前铁保徇私舞弊的情况，嘉庆皇帝在谕旨中特意强调说：“若不悉心研鞫，致凶手漏网，朕断不容汝辈无能之督抚，唯执法重惩，决不轻恕！”
山东巡抚吉纶之前已经因为在失察仓书舞弊一案中被降二级留任，此次接旨后不敢怠慢，一面调集精兵强将组建成验尸团，其中包括山东布政使朱锡爵、山东按察使张彤、济南知府徐日簪、武定知府金国宝、登州知府石俊、历城知县王嵩、嘉祥知县周以勋、德州知州周履端、阳谷知县王吉，这九名省、府、州、县官员作为监验官，一面派出人马赶到即墨调运李毓昌尸棺到省城济南。
尽管天子亲自批示要调查此案，山阳知县王伸汉仍然在作最后的努力。当吉纶派出的人马在即墨重新挖出李毓昌尸棺时，王伸汉的亲信包祥已经赶