上吊之人又怎么会用自己的马褂衣袖去擦血迹呢？如此推断起来，李毓昌必然是他杀，但事实经过如何，就需要人犯的口供来证实了。
至此，山东济南这边的验尸工作在历经波折后终于结束，验尸经过和结果被如实上奏朝廷，李毓昌尸骨也被重新装殓运回即墨。
而另一边李毓昌命案的案发地江苏也早忙成一团，两江总督铁保和江苏巡抚汪日章派出大批人马缉捕涉案人犯。李毓昌长随李祥、顾祥，淮安知府王毂，山阳知县王伸汉及其长随包祥、张祥、余升，厨子钱升等先后被捕，解往京师。
李毓昌另一长随马连升本被王伸汉推荐到宝应县任职，但他自从害死主人后难以自安，没有到职便躲回了山东聊城老家。不过，他家中贫困，无以为生，后又不得不到京师谋生做长随。李毓昌案发后，震动朝野，马连升惶恐无助，干脆主动到刑部投案自首。
七月初三，全部人犯都解到了京师，由刑部收监，会同军机处严审。由于铁证如山，经过多次对质后，案情已经真相大白，各案犯均低头认罪。谋害李毓昌的元凶王伸汉也供认了吞赈在前、行贿在后及杀人灭口的全部过程。
据清人梁恭辰在《北东园笔录初编》中记载，王伸汉本来拒不认罪，有一天熬跪倦极，便向审讯