后的二十多年中，他在清朝廷中始终居于举足轻重的地位。
对两江总督的人选，李鸿章也有自己的看法，说：“湘人习气之重，他人视为棘手，……选州必于湘人，朝廷亦深顾虑。”（李鸿章撰／吴汝纶编：《李文忠公全书朋僚函稿卷十》）此见解极为深刻，李鸿章已经料到非湘军嫡系无法坐镇两江。他虽然也出自曾国藩门下，但由于另立山头创建淮军，早已经被排斥在湘军嫡系圈外。
不过，李鸿章的看法是一回事，清廷的实际决策人慈禧太后的看法则是另外一回事。慈禧太后以秀女身份入宫，起初没有任何学问见识，后来协助咸丰皇帝批阅奏章，阅历才逐渐增多。她利用自己为同治皇帝生母的天时地利，先后在与肃顺和恭亲王奕?的争权夺利中占尽了上风，便自以为权术手段高明，能够翻手为云，覆手为雨，岂不知自己的才识根基仍是相当浅薄。同治四年（1865），慈禧太后与恭亲王奕?发生争执，慈禧责备奕?议政尽用汉人，奕?很不以为然。慈禧太后怒气冲冲地威胁说：“我要革了你。”奕?毫不相让，说：“太后革得了臣的官职，却革不掉臣的皇子身份。”慈禧太后勃然大怒，亲笔诏书责备奕?。诏书中错别字连篇，词句多有不通顺之处，令人瞠目结舌。这样一个只擅长玩弄后