己卷入其中后也会受到时论的谴责，因此在到达直隶边境后便借口肝病复发停了下来，一面写信给曾国藩，表示支持曾“拿犯”，另一方面又公开表示要等恩师将天津教案“凶犯”议罪正法后再到天津接任，以免“初政即犯众恶”，意欲等曾国藩收拾好天津教案的乱摊子后再说。昔日曾国藩曾对李瀚章（李鸿章亲兄长，曾国藩亲信）评价李鸿章说：“青出于蓝而胜于蓝。”显然，此时的李鸿章在玩弄手段方面确实已经超过了他的老师。曾国藩虽然失望，却也无奈，只好将处理天津教案的结果定拟上奏，自己背了黑锅。
但曾国藩也是老奸巨猾之辈，他虽然被迫接任了两江总督，但却故意拖延时间，正好以等待李鸿章来天津交接为由，迟迟不动身南下。一直到九月二十三日，他才动身离开天津，不过也不是南下两江，而是前往北京。显然，曾国藩此举旨在刺探朝廷对马新贻被刺一案的态度。
九月二十五日，曾国藩到达北京。次日早朝时，同治皇帝和两宫太后在养心殿召见曾国藩。皇帝和慈安太后都没有说话，只有慈禧太后问了几句关于身体和病情的话，无关痛痒。正当曾国藩纳闷之时，慈禧太后终于提到了马新贻，问道：“马新贻这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答道：“此事甚奇。”慈禧