日昌为了表示自己公正，主动上奏，自请议处。此时他还不知道当天晚上在妓院参与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。就是从这个时候，“督抚不和”的故事开始广为流传。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
以上全部是真事。四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴