适得其反，他必然全力掩盖案情中的漏洞和疑点，弥缝周圆，只有将此案发刑部重审，才能秉公论断。慈禧太后见杨乃武案已经轰动天下，又有这么多的浙江籍官员支持重审，疑虑被打消了，当即同意将此案发到刑部重审。刑部尚书皂保和桑春荣接奉谕旨后，不敢拖延，一面组织官吏阅览此案的全部卷宗，一面通知浙江巡抚杨昌浚，将有关犯人和证人押解到北京刑部。此时，已经是光绪二年（1876）的正月。
然而，光绪二年（1876）正月十六，杨乃武一案中最重要的证人“钱宝生”突然在杭州大狱中暴毙身亡。事情发生在最关键的时刻，“钱宝生”之死自然引来多方猜测。浙江巡抚杨昌浚和浙江学政胡瑞澜上报说“钱宝生”是在狱中病故。但有衙役说“钱宝生”是自缢身死。也有曾与“钱宝生”同狱的犯人出狱后说，“钱宝生”是余杭知县刘锡彤和杭州知府陈鲁联合买通狱吏杀死的，为的是杀人灭口。《申报》的报道则说胡瑞澜为答复刑部疑点，曾将“钱宝生”提杭州审讯，之后派差役押解其回余杭县，“钱宝生”回到家中，突然腹痛如绞，随即病故。
不论事实的真相如何，直接证人“钱宝生”一死，给审案带来极大的影响。无奈之下，只好由“钱宝生”的母亲姚氏和药铺店伙杨小