海军都对军制有着不同的提议，实际上都是为了争取自己的指挥权。最终日本陆军率先建立起参谋本部，确立了陆军指挥权高于海军的地位。
这无异于是矛盾的再一次发酵升级，加上后来海军和陆军之间的冲突摩擦不断，各种纠纷此起披伏，所以两军分化更是严重。
海军舰队总司令山本五十六曾经在会议上当着发言的陆军将军的面退场，以表示对于陆军的蔑视。
陆军和海军的研究开发以及生产工作一直处于完全隔离的状态。举个例子，生产一个螺钉，陆军可能要造成左旋的，而海军则要造成右旋的来表示与其不同。这样细节上的叫板多了，直接导致了工业极度混乱。
在对中国资源的掠夺上，这两军也打得不可开交。
日本海军陆战队是最先攻入的，随后陆军实施了军事占领，陆军在人数上有着得天独厚的优势，所以侵吞的资源最多，这也直接引起了海军的不满。
双方就一直这样刚着，谁也不让谁。
换句话说，日本的迅速战败同海军和陆军的不对付有着重要的关系，他们之间不可调和的矛盾简直就是神助攻。
“恩，你看的很透彻，就是不能太给他们陆军好脸色了，真以为我们海军是好欺负的了？”