明里暗里都十分提防昌则玉。昌则玉虽然依旧顶着个“大军师”的头衔，坐着第二把交椅，但他心里清楚，王自用完全不信任自己。
昌则玉在王自用营中一直呆了近两年，直到王自用不听劝告，一意北进山西的榆次、寿阳，紧逼太原，他认为这是“取死之道”，毅然脱离了王自用独走。他走后不久，王自用果然在官军的“重点关照”下连战连北，最后于武安大伤并在当年五月因伤死于济源。
王自用死后，流寇中群雄并起，但无论是高迎祥还是张献忠乃至其他大寇，没有一个愿意主动延揽昌则玉。原因很简单，昌则玉的资历太深，甚至深到了盖过他们一头，他们找不到一个合适的地位用于安置他。更重要的原因是，他们都或多或少与昌则玉打过交道，知道此人很难驾驭，倘若随意招入麾下，恐怕弊大于利，昌则玉自己对此也了然于胸。
故而其后几年，昌则玉一直在各地的中小型流寇集团里寻找容身之地，这些流寇大多听说过他的名头，但此前从未有机会接触过，所以开始就有崇敬之心。加之昌则玉善用权术，基本将所有的寄主都唬得一愣一愣，将自己奉若神明。不过他心里很清楚，如此下去不是长久之计，毕竟他不是一个安于平淡之人，或者说因曾经辉煌过，他就不甘心这