防海防，肩负维系东南财赋重地稳定的大任。虽说还总揽船政、马政、选贡、驿传、修城并选拔武官等等事务，但只主管军务一条，就足以睥睨南京百官。
军务落到具体，主要两项尤为重要。一项为巩固南京及周边的江海防务，另一项为掌管南直隶营务，都是实打实的兵权所在。拱卫南京各营及江操官军皆从属管操武臣统领操练，武臣们则接受南京兵部直接指挥。南京大小教场、神机、新江口、池河、浦子口、振武等营并南京兵部一应营官兵马所需钱粮军饷均由南京户部支取数额，且听从南京兵部决定数额。如此一来，南京兵部实则在兵权之余，更有了插手财权之力。
刘孔炤巡防江务，目前手里管着新江口、池河、振武三营。其中池河营是南京兵部亲自主持招募的健儿，编制三千齐整，算是刘孔炤的家底主力。振武营成立之初即多无赖子弟，骄横难制，曾经因为饷银被拖欠作乱兵变，被遣散大半，如今名存实亡。新江口营规模最大，额定一万五千人、舟船三百艘，不过早就逃逸众多，估计所剩仅五千人不到。这是刘孔炤当前主要钻营的一个营。
史可法没上任的时候，刘孔炤靠着新江口营吃空饷。但等史可法来了，指示兵部立刻查清兵册，确认了实在人数，当即停止了多余