周延儒结党案终于有了结果。继董廷献下狱后，周延儒的另一个得力臂膀吴昌时也在狱中被审。崇祯帝对这次审问十分重视，亲自主持。
吴昌时旧为复社中人，昔年与复社领袖张溥共同帮周延儒走通了路子才让周延儒东山再起。但随后吴昌时就以毒药害了张溥，独享大功。周延儒入阁，起用吴昌时为文选清吏司郎中，管理官吏班秩迁升改调，职小权却大。周延儒利用吴昌时的职务之便，操控朝中人事任免甚至卖官鬻爵，吴昌时从中也捞了不少好处。
崇祯帝亲审，百官没了顾忌，纷纷出头。其时尚未前往南京的祁彪佳先弹劾吴昌时弄权，御史蒋拱宸也告发吴昌时滥用职权收受大量贿赂，并随后与给事中曹良直联合将周延儒扯到进了案子。此举正中崇祯帝下怀，加大力度审讯吴昌时，并以此削去周延儒的所有职务，派遣锦衣卫将之逮捕共审。在后续的审问中，吴昌时百般抵赖，崇祯帝一怒之下下令打断了他的小腿。内阁辅臣蒋德璟、魏藻德等人看不下去，劝崇祯帝道：“殿陛用刑，实三百年来未有之事！”
不料怒气已极的崇祯帝马上呛回去道：“吴昌时这厮也三百年来未有之人！”
群臣见崇祯帝态度坚决至此，均知周延儒之事已无回旋余地，再无人敢逆鳞行事