不停追击败溃的顺军，先后在抚宁卫、卢龙县、通州等多处交战，顺军力疲，连战连败，兵马死伤无数，辎重亦大多被缴。顺军退回北京城，李自成认为败局难挽，便在刘宗敏、牛金星等文武的劝下匆匆登极称帝，接着在北京城外与清军、吴三桂军进行野战，意欲奋力一搏。然而胜败之势已明，顺军士气低落无复战意，刘宗敏、唐通等将均在战斗中负伤，顺军屡战屡败。李自成无奈，挟吴三桂之父吴襄上城，大呼吴三桂投降。吴三桂让吴国贵射杀挟持吴襄的顺军兵士，李自成见招降无望，立刻杀尽吴家三十八口，高悬示众。
吴三桂悲愤交加，催督兵士猛攻城池，李自成与文武重臣商议，决定放弃北京，于是放火烧宫城、权贵宅邸及城外草场，兵分几路突围而出。吴三桂人少，未能阻拦，“以为先帝服丧，拥立东宫”之言进北京，得到了北京旧官臣民的拥护。可是后续清军入城，人皆大惊，相顾询问不知其故。直到多尔衮发布政令，声称为崇祯帝服丧，且率军前来是为了“与诸朝绅荡涤前秽”，众人才知清军是吴三桂请来的救兵。但是过了几日，传闻中被吴三桂“从贼中夺回”的太子乃至两名亲王并未出现，且多尔衮接着便开始选官录用，连发政令，明眼人都看得出，清军“吊民伐罪”为虚，入主北京为