郑芝龙既是怀揣着主意来的，那么对南京方面原本的出师计划没有太大影响。
六月底，弘光朝廷任史可法为督师，会集左梦庚、袁时症刘良佐、刘肇基、张禄诸军共五万四千兵马渡江北伐，留刘孔炤、史德威等率领南京江防部队继续守护南京，另分方国安一支军队转进浙江。郑芝龙则重新鼓帆启程，部将施福、梁立、黄廷、成升、洪习山等分批次陆续率船队沿江入海。
南京有钱谦益坐镇，与江西总督袁继咸均对史可法军队的后勤负责，且其时新任凤阳总督瞿式耜走马上任大半个月了，他是钱谦益的心腹，有他策应，史可法军队一路畅行无阻，十分顺利。七月上旬抵达淮安、徐州交界，进驻吕梁山以东的邳州，距离山东仅仅咫尺之遥。
淮扬巡抚路振飞向史可法、左梦庚等述了山东当前局势。
早在五月，清都察院参政祖可法、张存仁就曾向多尔衮建言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”多尔衮纳其言，先以明降臣方大猷为监军副使招抚山东，后又使明降臣王鳌永以户部、工部的名义前往山东收拾地方，更派固山额真巴哈纳、石廷柱以及平西王吴三桂等发兵作为后盾。
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