衔的师都统制、从二品轻车都尉的师副都统制、正三品骑都尉衔的师总参军、从三品骁骑尉衔的师总监军各一员，正四品飞骑尉衔至正六品承信校尉衔的师参军若干员，从四品云骑尉衔至从五品昭信校尉衔的监军协理、断事官若干员，师传令中军一队、探马队、师旗队等在内，全师共计四千二百人。不过由于明郑的人力不足，因此各师、团、哨中的缁兵、中垒及部分炮手等都由黑奴充当，由此每师中汉兵二千八百人，奴军一千四百人。
郑军陆师在战前共有各卫镇一万五千人、童子军两镇四千二百人、地方汛兵三千余。东宁战后，三者的总数下降到了一万八千人。其中部分伤者可以重返部队，但大多数却只能回家耕种，所以郑克臧将跟随林贤在蚶西港投降的普通清军打散后重新编入，不过饶是如此，郑克臧还是只能先编出六个师和二千驻屯汛兵。
除了上述部队以外，郑克臧还抽调出一千人的兵力组建了安平留守司，统一管理大员及北汕尾岛上的两处重炮要塞及其守备，并将原来八十人的安平城侍卫队伍扩大到了二百人，至于安平城的守备任务，在銮仪卫镇取消之后则由各师依次轮戍。
作为郑克臧全面掌握郑军的象征，参军司改名为参军院，地位升格为与政事堂并列，定西伯吴淑被