领兵讨伐韩全诲，韩全诲便迫使李晔一起逃到了凤翔。朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来。一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，从冬到春，雨雪又多，城里每天饿死和冻死的就有一千人，皇帝只能在宫中弄个小磨，每天磨豆麦喝粥，喝得他一点力气也没有。宫人们每天也有三四人死亡，百姓更惨，吃人的现象都很普遍了，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当。”直到天复三年（公元903年）正月李茂贞实在没法再守下去了，和皇帝商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将皇帝也交给了朱温。朱温这才带着到手的皇帝撤兵东去。
回到长安，朱温命令他的士兵将几百名剩下的宦官赶到内侍省，在那里将他们残酷地杀掉，困惑中晚唐的宦官问题终于被朱温解决了。但是皇帝也完全落入了朱温的监控之下，苟延残喘的度过了他生命中的最后时光。大概是为了报答朱温，昭宗任命朱温为诸道兵马副元帅，相当于军队副总司令。又加封朱温为梁王，并赐“回天再造竭忠守正功臣”的荣誉称号，还有御笔《杨柳词》五首。可惜的是，朱温早就利欲熏心，看重的怎会是这些呢。
天复四年正月，朱温将皇帝迁到由他控制的重建的