但是，商品经济的发展是社会生产力发展和社会经济整体结构运行的内在要求和必然结果，民间私营工商业必然会随着社会经济的发展而发展，这是一个客观的经济规律，不是政治权力所能任意加以抑制和长久摧残的。历代推行重农抑商政策，运用政治权力，采取超经济方式对民间私营工商业实施抑制打击，本质上是与社会经济整体发展要求和发展规律相矛盾的。这种矛盾属于国家政权与经济法则之间的冲突，随着社会经济的不断发展上升，势必会越来越尖锐。这种矛盾注定了抑商政策的历史暂时性，社会经济的发展特别是商品货币经济的发展，必然会突破政治权力的超经济强制。
随着社会生产力的发展和必然引起的商品货币流通的活跃，原先的历史上，到了明朝和清朝时期，民间私营工商业更趋成长和成熟，资本主义生产方式的萌芽已经在王朝统治的母体中显著出现，预示着社会形态上的前进变革趋势。
然后明、清王朝统治者依然坚持重农抑商政策，依然抑制打击民间私营工商业，推行了一系列不利于资本主义萌芽发展的制度措施，从而违背了经济发展规律的要求，造成社会进步与政治强权之间的尖锐对立。这时的重农抑商政策就失去了其历史合理性和进步性，而日益呈现出其反经济发展