设立左右神策中尉作为神策军的最高领导。同时也建立起了一整套的指挥系统，其中如副使、判官等均由宦官出任。而在京西北的神策军军镇也均有监军使，这就使得宦官势力深深地植根于神策军内部，从此以后神策军与宦官势力密不可分，紧紧地联系到一起。
在这一阶段，神策军在指挥体系上基本由宦官控制，在布防格局上，神策军在京西北地区形成了众多的军镇，这些军镇与地方藩镇形成了防卫吐蕃入侵的有力屏障，使得吐蕃再也没有能够深入关中腹地。同时，神策军镇还起到了监视歌内藩镇的作用，防止再次出现祸起肘腋的情形。战斗力上，神策军在此阶段呈现了下降的趋势，这与神策军自元和年间起便不再征伐有很大关系。他虽然能够在历次皇位交替和宫廷政变起到决定性的作用，但在阵地作战的能力上基本丧失，所以会出现在黄巢之乱的过程中神策军不堪一击的情形。黄巢之乱中的潼关之战标志着唐德宗重建的神策军的彻底溃亡，神策军进入他的衰亡时期。
第四阶段神策军与宦官集团的分离、衰亡期，从唐僖宗奔蜀，田令孜创立神策新军起至天复三年年崔胤废神策军止。
神策军溃亡后，田令孜在成都重新招募组建了神策十军五十四都。这批神策新军每都千人，总数在