兵马使，便重新开启了宦官把持军权的历史。此后德宗重建神策军的步伐继续前行。贞元二年(786年)九月，德宗对实力日益强大的神策军从组织结构上进行了改编，将原神策左右厢扩充为神策左右军。设置大将军二人，正三品；将军二人，从三品。《唐会要》卷72《京城诸军》：“贞元二年九月二日。神策左右厢。宜改为左右神策军。每军置大将军二人。秩正三品。将军各二人。从三品。其职田棒钱手力粮料等。同六军十二卫。”另外设置“监勾当”的职位，令中宫充任。使得宦官对神策军拥有一定的领导权，但此时的神策军并非完全由宦官执掌，“监勾当”的职位表明其性质仍为监军。而神策军大将军与将军对神策军也有指挥权。《册府元龟》卷134《帝王部·念功门》：
“三年十一月癸亥，以神策军大将军莫仁摧为左晓卫上将军。丁卯，以河东兵马使兼御史大夫张元芝为神策军大将军。己已，诏：‘奉天定难功臣、左神策将军兼御史大夫武陵郡王孟日华于洪州安置，仍赐绢百匹，充家口路粮，至彼委本道都团练使给十人衣粮，以时存问’。初仁摧出官，日华自谓代之，既授张元芝，日华忿于众曰：‘吾于国有功，且久次当迁，今以大将军授元芝，吾宁贬黜不能事也。朝廷用人失序，何以致