虽然中书渐重，但中书出令，门下封驳的“旧制”并未改变。
第二阶段是自武后光宅元年至玄宗开元十一年，为中书省政事堂时期。这个时期，政事堂始正式成为宰相议决军国大政的最高国务会议。武后光宅元年，裴炎执政事笔，迁政事堂于中书省。高宗弘道元年十二月六日之后，此时高宗已崩，中宗刚即位；至迟不会迟于他同武后合谋废中宗、立睿宗的前后，即中宗嗣圣元年一月，睿宗文明元年二、三月间。
宰相既商讨议决军国重务于政事堂，而草拟诏敕之责在中书。为便于政务推行，于是政事堂遂由门下省迁至中书省。这是贞观中期以来，中书地位日重而门下权势渐削的必然趋势。裴炎自侍中改任中书令，执政事笔，迁政事堂于中书省，并非裴炎一己之私意，乃是制度发展所使然。侍中与中书令同为中央决策机构中书、门下省长官，秩皆三品，何以侍中必加“同三品”衔，方为真宰相，得参加政事堂会汉，而独于中书令“则否”？看似十分乖谬，其实乃是制度在渐渐变化矣！所谓“天河暗转，必有其迹”，此之谓也。
政事堂迁至中书省后，在制度上明显的变化，是宰相于政事堂议决政务时，有轮流“秉笔”或“执笔”之制。《新唐书》说：“旧，宰相议事门下省，号政事堂