维护的重要性在某种程度上比漕运本身更显重要且更加棘手。因此，明清政府改变了以前由水政部门管理或由漕运官员兼理河务的现状，专门设置了直属中央的京杭大运河地方管理机构——。
－机构性质
署图.于明代开始设置，有明一代称它们为总督漕运和总督（理）河道，后世又分别称其为总漕和总河，其中设置较早。景泰二年（1451年），因漕运不继，明政府任命副都御使王竑总督漕运，驻扎淮安，标志着明廷设置一职的开始。当时全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，其主要职能除督促涉漕各省经运河输送粮食至京师外，还有巡抚地方并兼管河道维护治理职能。成化七年（1471年）十月，鉴于河道淤塞，漕运时有受阻，需有专员统筹河务，朝廷便命刑部左侍郎王恕总理河道，驻扎山东济宁，专门主持运河与黄河的治理维护，这是明代中央设置治河专官的开始，也是京杭运河事务管理中漕运、河道分开署理的标志。不过，有明一代大部分时间里，和河道总督只是作为皇帝的代表外出督漕或治河，属临时差遣性质，并非固定官职。
清代对运河的管理进一步加强，漕运管理系统和河道治理系统职责上更加分明，制度上更加规范。顺治初年