，清廷设河道总督和各一名，作为负责漕粮运输和河道治理的最高行政长官，正式将和河道总督纳入官制，二者官秩均为正二品，兼兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品，与其他八大地方总督地位平等。
以下之设官有巡漕御使、督粮道、管粮同知等，所辖军队称“漕标”。河道总督所属机构，乾隆以后定为道、厅、汛三级，分段管理。属官有河库道、河道、管河同知、通判等，所辖军队称为“河标”。但和河道总督衙门内均不设属官，只设书吏二十人，办理衙门内一应文牍事宜。
清代衙门仍驻淮安，管辖山东、河南、江苏、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具体负责漕运、检选运弁、漕船修造、查验回空、督催漕欠等事务。从漕粮收缴、起运，到漕船北上过淮、抵达通州，漕督都要亲自稽核督查，运输过程中出现的重要情况均需随时向皇帝报告。康熙二十一年（1682年）规定，粮船过淮后，总漕应随船北上，率所属员弁视察运道情况，调度全漕。粮船过津后，总漕即入京觐见述职，而后回淮办理下年之征收起运诸事。
－废止
－－资料由于涉及运河的分段治理，清代河道总督的设职情况要比复杂得多。顺治元年只设河道总督一人，