掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山东济宁。随着江南河工兴举日多、修守事务渐趋繁巨,康熙十六年（1677年），河道总督衙门不得不由济宁迁至江苏清江浦（淮安市）。这样一来，河南武陟、中牟一带堤工若有险情，驻扎淮安的河道总督往往鞭长莫及，清廷便于雍正二年（1724年）设立副总河一职，驻河南武陟，负责河南河务。
雍正七年（1729年）改总河为总督江南河道提督军务（简称江南河道总督或南河总督），副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称河东河道总督或东河总督），分别管理南北两大河段河道事务。遇有两处共涉之事，两位河督协商处置。雍正八年（1730年），清廷又设直隶河道水利总督，管辖海河水系各河及运河防治事务。至此，清代河道总督一分为三，而就河工任务及对漕运的影响来看，三总河中地位最关紧要的是南河总督。乾隆十四年（1749年），直隶河务渐趋正轨，北河总督一职遂被裁撤，其职能由直隶总督兼任。
有清一代，黄河夺淮已有四五百年的历史，泥沙淤积导致的河患频发，使运河治理面临死结性难题，特别是南河黄淮运交汇处的清口一带，河工任务特别艰巨。这一局面使与河道总督的社会角