“完全无缺之独立自主”，实则承认扶桑对朝鲜的控制；
满清将辽东半岛、台湾岛及所有附属各岛屿（包括钓鱼岛）、澎湖列岛割让给扶桑。
满清“赔偿”扶桑军费白银六千万两。
开放沙市、杭州二地为通商口岸，扶桑政府得派遣领事官在以上各口岸驻扎，扶桑轮船得驶入以上各口岸搭客装货。
扶桑臣民得在中国通商口岸城市任便从事各项工艺制造，将各项机器任便装运进口，其产品免征一切杂税，享有在内地设栈存货的便利。
扶桑军队暂行占领威海卫，由满清政府每年付占领费库平银二十万两，在未经交清末次赔款之前，扶桑不撤退占领军。
本约批准互换之后，两国将战俘尽数交还，满清政府不得处分战俘中的降敌分子，立即释放在押的为扶桑军队效劳的间谍分子，并一概赦免在战争中为扶桑军队服务的汉奸分子，免予追究。
虽然通过一系列的暗中策划，《马关条约》赔款从2亿两白银降低到6000万两白银，少开放了重庆和苏州两个口岸，但是它依然是清朝签订最严重的不平等条约，给近代华夏社会带来严重危害，东北三省，台湾等大片领土的割让，进一步破坏了华夏主权的完整，刺激了列强瓜分满清的野心，民族危