但是在击败孙可望这个外部敌人之后，官军内部又出现了新的问题。先是刘良佐南撤，接着黄得功因与左良玉不和率部前往庐州，官军剩下的只有左良玉和马士英两部人马。
孙可望虽然大败，但仍有近两万大军，且淮西多山，没有重兵根本就不可能完全剿灭。而左良玉和马士英本就相互忌惮，在最初的进攻中都指望对方和孙可望拼的两败俱伤，而自己坐收渔翁之利，最终导致孙可望在淮西彻底站稳脚跟。
直接剿灭不了，官军就采取围困战术，欲将孙可望彻底困死在淮西。这个方案本是可行的，淮西多山少田，孙可望数万大军的补给将是很大的问题。但在执行上，却出现了各种各样的问题。
首先是大军的补给问题。马士英兵少，且他是凤阳总督，可以依托于当地解决大军的粮草问题。而左良玉虽然从武昌来，但再从湖广运粮根本不可能实现，因而他要求马士英为之解决粮草问题。但马士英以朝廷无这样的规制而拒绝，只是从道义上给左良玉提供少许粮草，但这点粮草对于拥有数万大军的左良玉来说，无疑是杯水车薪。
左良玉为边塞小卒出身，目前所拥有的一切都是通过手中的长刀所获，性格飞扬跋扈，手下也多是悍兵骄卒。你不给我，我就自己去拿。