。经过几天激烈的战斗，内城守军再也无力抵抗了，内城被攻破。居民中的丁壮被强征从军，往攻撒马尔罕，老弱妇孺逃往乡下，不花剌这座昔日繁荣的城市遂变为“平坦的原野”。
占领不花剌后，成吉思汗又率军前往河中府撒马尔罕，蒙古军驱赶着从不花剌征集的大军，沿途村落，一经投降，便一无所伤；凡进行抵抗者；则留兵围攻。当蒙古军攻打讹答剌时，花剌子模王摩诃末曾预征三年的赋税拟筑长围保卫河中府。但成吉思汗率军到来的消息传出后，摩诃末留下数万人守城，自己却从该城退走8。成吉思汗到达后，遣大将哲别、速不台率军追击摩诃末，自己则用两天的时间“巡视城池，观察墙垣、外垒和城门”9。察合台、窝阔台也从讹答剌领兵来会。第三天，成吉思汗下令围城，蒙古军和在当地征集的签军将撒马尔罕团团包围，水泄不通。守军组织突围，被蒙古军击溃。他们又用战象冲击蒙古军阵，双方都有很大伤亡。但蒙古军击退象阵，逃回的大象反而践踏了守城的步兵，城内军民陷于混乱。第五天，守军和城民终于决定投降。扩蒙古军入城后，拆除了城墙和外垒等防御设施，将居民赶到城外，只有献城的居民代表、法官和宗教首领的家属约五万人受到了保护。藏匿不出者，一旦被发现便遭杀害