。这时，内堡的守军也陷入混乱，他们“吓得心胆俱裂，既不敢挺身抵抗，又不能转身逃跑”10。有一支千人敢死队拼命冲出内堡，去与算端会合，其余的人只好龟缩在内堡之中。第二天，内堡被攻陷，守军退入大清真寺，用火油筒和方镞箭进行抵抗，蒙古军也用火油筒回击，经过一番激烈的战斗，内堡中的人也全部被赶到城外。蒙古军将突厥人的头发剃成蒙古式样，对他们进行了收编，而将约三万名康里将卒全部杀死。居民中有技艺者三万人被分给了成吉思汗诸子和族人，又将同样数目的丁壮收编为签军，令其随军参与征战。其余的人在缴纳一定数目的赎金后，被允许回城。同时任命契丹人耶律阿海为达鲁花赤，镇守该城。
完成对河中地区的征服后，成吉思汗开始作下一阶段的部署，西征战事进入第二阶段。他派察合台、窝阔台率军征讨花剌子模，令术赤自毡的前往与二弟会师，自己则作进军呼罗珊的准备。
成吉思汗命哲别、速不台追袭摩诃末时，指示说：“朕命你们去追赶花剌子模沙算端，直到将他们追上为止，如果他带领军队来攻打你们，你们无力抵抗，可马上（向我）报告，如果他力量不大，可（与他）对敌！因为我们不断接到消息说，他怯弱、害怕、心惊胆战，他一定敌不过（