在京百官到任假告事故，出三日不报者，则纠举之；大臣入内奏事，则随以入，凡不可与闻之人，则纠避之”10。肃政廉访司初名提刑按察司，承自金朝的按察司，作为地方监察机构，元初被纳入御史台系统。其巡察地区分为跨地区甚至跨行省的诸道，分别隶属于中央御史台或行御史台。行台是中央御史台的派出机构，元代曾在陕西、云南、江浙等地设置。
元廷对宗室诸王赏赐无度，对外征伐频数，国家用度浩繁，而以理财助国为施政中心，至元七年至九年、二十四年至二十八年、至大二年至三年（1270～1273、1287～1291、1309～1310）三次设立尚书省综理财用，六部、行省皆隶尚书。在尚书省存在期间，中书形同虚设。
此外，也有大司农司、翰林国史院、集贤院、宣徽院等承自前代的机梅。
在中书省、枢密院、御史台分管政务、军旅和监察之外，在元朝中央，还有与之平行的掌管蒙古、回回和藏地事务的机构。其中包括蒙古翰林院及其所属蒙古国子监；掌管回回历法的回回司天监；掌管也里可温（基督教和基督教徒）的崇福寺；掌管藏地事务的宣政院等。国初的札鲁忽赤，随着国家统治机构的完备，则转变为专掌皇族政刑的官员，而以大宗正府