左丞各一员，参知政事二员。蒙古人尚右，故以右丞相、右丞居上。自中书令至参知政事皆称“宰执”。六部则各设尚书三员，侍郎二员。
管军的机构枢密院是在平定李璮之乱后设置的。鉴于“诸侯尽专兵民之权的弊害，忽必烈采取断然措施，罢世侯，置牧守，军民分职”，中统三年（1262），诏：“诸路官民管理民事。管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄。”8四年（1263）五月，“初立枢密院，以皇子燕王为中书令，兼判枢密院事。”掌天下兵甲机密之务。除四怯薛由皇帝或其亲信节制外，“凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”9。初置枢密使一员（由太子兼任），副使二员，佥书枢密院事一员。至元七年（1270），在副使之上置同知枢密院事一员，佥书之下置院判一员。二十八年（1291），又置知院一员，增院判一员，并以中书平章商量院事。四怯薛各出代表一员，参与院议。
至元五年（1268），立御史台，“掌纠察百官善恶、政治得失。设御史大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二员。御史台直属机构有殿前司、察院，还有内八道肃政廉访司。“凡大朝会，百官班序”由殿前司掌握，“其失仪失列，则纠罚之”；“