的和林宣慰使怯伯、同知乃蛮带、副使八黑铁儿投叛，元朝政府军有遭到东西叛军联合围攻的危险，形势更加危急，七十四岁的老皇帝忽必烈再次亲征。他调集安童、伯颜、玉昔帖木儿、李庭等各路蒙古、汉军扈从。七月，忽必烈出师，海都闻讯远遁。元军收复和林，仍以伯颜居守。
二十九年（1292）秋，海都指使明理铁木儿犯边，伯颜奉命往讨。两军相遇于阿撒忽秃岭，“矢下如雨，众军莫敢登。伯颜令之曰：‘汝寒君衣之，汝饥君食之，正欲效力于此时尔。于此不勉，将何以报！’麾诸军进，后者斩，伯颜先登陷阵，诸军望风争奋，大破之。”时明理帖木儿败走，伯颜以轻骑追击，斩首二千余级，俘其众以归。
伯颜久在军旅，历经战阵，知己知彼，恩威并济，有丰富的指挥经验。他对海都等叛军，采取固守防御为主，征进与招抚兼施的策略。战术上以逸待劳，不轻易出击。使叛军在数次出击，长途行军中消耗有生力量，然后一举平定。当时，海都在多次骚扰边境，长途奔袭之后，其势已如强弩之末，力量消耗殆尽，平叛的胜利指日可待。但军中将领不能完全理解他的意图，朝中又有人以“因仍保守”弹劾他，忽必烈本人也急于取得平叛的胜利。于是，至元二十九年，朝廷决定以玉昔