帖木儿代伯颜。玉昔帖木儿前来接仁之际，恰值海都再次犯边。伯颜欲为朝廷除此大患，遂对玉昔帖木儿说：“公姑止，待我翦此寇而来，未晚也。”伯颜领兵出战，“与海都兵交，且战且退，凡七日，诸将以为怯，愤曰：‘果惧战，何不授军于大夫！’伯颜曰：‘海都悬军涉吾地，邀之则遁，诱其深入，一战可擒也。诸军必欲速战，若失海都，谁任其咎？’诸将曰：‘请任之。’即还军击败之，海都果脱去。”这次失机，又使海都得以自立数年。
玉昔帖木儿代伯颜后，元军展开了大规模攻势。当年秋，土土哈略地金山，获海都属户三千余，迁至和林。又向吉利吉思进兵。次年（至元三十年，1293）“师次谦河，冰行数日。始至其境，尽收其五部之众，屯田守之。”海都派兵来争，又被击败。到忽必烈去世时，海都的势力已被逐出按台山（即金山，今阿尔泰山）之外，实力也已大大削弱，与西北诸叛王的斗争已经取得了决定性胜利。但是，与分裂势力斗争多年的忽必烈还是没有看到平叛斗争的最后胜利。
成宗即位后，仍以大将土土哈率军居守，宁远王阔阔出（忽必烈子）抚军。旷日持久的战争不仅消耗了海都的军力，而且使部众、将领产生了厌战情绪，叛军内部再次发生分化，从海都叛