毕自严和徐光启的估计，太监们最多只会上缴一到两成，所以现在收的商税数目是远远不够的。而据毕自严所说，最主要的问题是两个方面，一个是矿业税的问题，一个是高官显贵们的免税和逃税问题。
矿税是万历年间最被人诟病的政策，光宗登基时就已经废除了，所以现在没有专门的矿税，是按照行商的规则来收的，但是矿主采矿以后，一般都不运往其它地方，而是就地炼化，然后再将炼化后的产品运往他处，这样其实只收到行商税，矿业税根本就是没有收。
而明朝高官显贵们坐着车船过钞关时是不收税的，后来发展到只要是有他们的旗子挂着的车船，也不能收税，这样大量的商家就把自己的车船挂靠在他们名下，交一些钱换来一面旗子，这样就可以免税了。
其实上次魏忠贤去调查李三才的财富来源时，就已经向朱由校做了汇报，李三才敛财的途径之一就是别的商家的挂靠。他任河运总督时，大量收拢商家，他的船走在前面，商家的船走在后面，都说是李家的船，这样大量的税额就这样流失掉了，而李三才则按钞关应交税额的四成到五成收取保护费，所以才能赚得盆满钵满，积下偌大的财富。
朱由校查抄晋商赚了一大笔，而卖镜子赚了一小笔，虽然大学