城的建造花了一些钱，但很快就可以通过卖房子赚回来，所以内帑还是很充足的。而户部八个月可以收二百多万块钱，一年就是三百多万块，这与原来相比已经是大大增加，如果这两个问题解决的话，那商业税应该会大幅增长，那朱由校减少农业税，从根本上解决农民起义问题的设想就能实现了。
所以第二天的小朝会上，朱由校决定把户部收商业税遇到的问题摆在各位大臣的面前，让大家讨论应该如何解决。
然而朝会开始大家见礼以后，朱由校还没让毕自严出列，孙慎行却先出列上书要求严惩“红丸案“首恶李可灼、方从哲罪，认为李可灼当斩，方从哲应该革职，而刑部尚书王纪与侍郎杨东明也建议逮捕李可灼、崔文升，并削方从哲官，令其还家。
朱由校大怒，上次要办学校的事孙慎行就百般阻挠，而审问熊廷弼时王纪明显偏袒的行为也让他很不高兴，而且自己早就说过前面各案不用再提，这几个人偏偏要触霉头，于是怒道：“红丸案早有定论，李可灼和崔文升早已惩罚，为何诸卿总是要计较于这些呢？”
孙慎行却是不惧：“陛下，李崔二人确实已被惩处，但太过宽容。而方从哲则是罪魁祸首，却一直立于朝堂，且继续为首辅，这事天下人不服。”