以原来县衙门的快手捕快为主，加入了一些退伍军人，负责全县的治安工作。
巡捕房不再是象以前的衙役一样奉行“民不举，官不究”了。巡捕房中有专门的马捕就是以前的马快，每天负责在管辖范围内巡逻，一经发现有违反法律的情况，就会报告给法庭，然后开始进行立案侦查，进行初步的审讯，以更提供证据给法庭来裁决。
而巡捕房还有一项重要的职责，那就是清理乞丐。朱元璋建立大明后下诏“鳏寡孤独废疾不能自养者，官为存恤”。更在洪武五年下诏于天下郡县设立孤老院，这就是著名的养济院。
即便是设立了养济院，但有些懒汉们不符合进入养济院的条件，又不想干活，于是他们选择了乞讨，所以大明还是有乞丐的。但大多都是健康人，而且这些乞丐常常兼职做人贩子，小偷，严重影响了地方的治安。
朱由校给巡捕房专门下达了一个任务，那就是将所有的乞丐都抓起来进行甄别。大多数乞丐都是身体健康的，而且他们都是有组织的。那些确实身有残疾的人，其实也是由他们人为制造出来的，他们拐来一些小孩子，然后打断腿或者什么的，再把他们赶出来乞讨，用他们的惨样来激发人们的恻隐之心，从而收到大量的施舍。
巡捕房建