至于满桂，皇帝已经帮他想了办法，西北主要打交道的是蒙古人，皇帝已经封海兰珠为明珠长公主，并让她随满桂前往西北，虽然海兰珠是科尔沁人，科尔沁人的地盘在兴安岭附近，但大家都是蒙古人，多多少少有些香火情，蒙古人对满桂这个蒙古女婿总会另眼相待。
第二个便是原来卫所的裁撤问题。北方军区与西北军区的卫所已经在魏忠贤和孙传庭联手操作之下裁撤了大半，但西南和南方军区的卫所几乎没有动过，这便是朱由校也没有办法，只能从东厂和绵衣卫中抽调人手，加入到这两个军区中，一起来进行裁撤和重建工作。
第一个动身的是曹文诏，他带领一个近卫军旅搭乘北海舰队的船只从海路到达奴尔干城。而同时研究院地理科的学生则乘船从辽河而上，他们将要考察辽河与松花江的水域情况，要找到一种更好的运输方法，使得内地与奴尔干城不必通过北海就能连通。
周同金对于明军的来到非常高兴。随行的太监宣读圣旨，皇帝正式策封周同金为奴尔干都指挥使，荫其长子为锦衣卫百户，许其入京城就学（这是周同金自己坚持的）。奴尔干都司府可以组建一万人以下的部队，负责奴尔干都司的防卫安全。
皇帝下旨在奴尔干都司实行十税一的