元仪上任之初，便于铁道部成立了清吏司，建造司，勘察司，损补司。分别负责铁路安全监查，修筑铁路，勘察路线，赔偿沿路的损失。而朱由校抽调了东厂和锦衣卫的人手，专门成立了一个铁路统计局，负责与铁路有关的贪污腐败行为。
天启七年十月，两京线的勘察已经完成，铁道部上报给内阁后，内阁提请皇帝御览。朱由校指示道：“修好，不要急，按一百年的标准来修。”
十月十日，在通州举行了两京线的奠基仪式，朱由校亲自填下第一锹土，内阁，各部尚书依次填土。这项计划耗时五年，全长一千七百多里（一里合五百七十六米）的超大工程就正式开工了。
茅元仪将整个工程分成五段，京城到天津为一段，天津到河间府为一段，河间府到济南府为一段，济南府到徐州府为一段，徐州府到南京为一段。每一段的平整地面工程都进行招标，分包给各地的商人。
由于在这之前，已经在报纸上大肆普及了招标和投标的基本知识，而且规定投标者必须为商行，不得为各级政府或者个人。这使得各地的建筑商行如雨后春笋般都冒了出来，税务局很是高兴收到了大量的契税。
平整土地需要的不过是人力和简单的刀斧锄头之类的工具，所以能够聚拢