部兴修水利虽说是造福于民，但却是在与江南士绅争夺民心，这让地方宗族势力感到很是惶恐，不少官员开始弹劾工部官员与地方官府借着工程建设贪污，甚至秘密派人决堤或者直接暗中使绊子也有之。
而转业武官大多是听从朱由检的近卫军官兵，这些人对朱由检是有盲目崇拜之心，他们担任地方县丞、主簿等官无疑是让皇权下了乡，让地方乡绅控制的基础行政权大幅度削减。
因此弹劾转移武官在地方上违法乱纪的奏疏也是越来越多。
甚至还发生过当地民众打砸县衙与转业武官被暗杀的事情发生，而一些地方官员也反感这些武夫充任他们的下属官吏，开始上奏疏弹劾。
除此之外，按理说，扩建社学与鼓励平民子弟就学，甚至不惜以官位功名吸引底层士子积极投身教育事业，应该是全民皆称道的善政，但也有官员上奏疏弹劾此举会耽误农时，令大批士子无心学业等等。
事实上据东厂奏报，地方的社学一扩建，三年免费教育与以官位与功名吸引底层士子到社学教学的政策实施后，便导致许多底层百姓不愿意再租佃地主土地，这样导致地主剥削底层百姓的收入减少，底层许多才华卓越的士子为个人功名利禄开始拒绝做豪门大户的私塾先生，愿意去