而在最关键的对外政策方面，无论是东林党还是马士英，却都保持着高度的一致性，奉行借虏灭寇的政策，即借清军的力量，剿灭大顺军。
当然，南明朝廷在这时提出借虏灭寇政策，到并不完全是出于对形势的误判，当时信息不通也有一部原因。吴三桂献出山海关、投降清军的事情，只是一面之辞，现在还没有得到南明朝廷的确认，至少从表面上看，也可以理解为吴三桂借来清军，大败李自成，是为崇祯报仇的举动，甚至可以说是一心为明朝社稷的不贰功臣，也不为过。而且清军当入关时，也打得是为明朝报仇的旗帜。而灭亡明朝，攻入北京，逼死崇祯皇帝的是大顺军，因此南明朝廷上下都认为，自己的首要敌人是大顺军而不是清军，为先帝报仇雪耻才是最重要的。
同时，在目前南明朝廷内部关系尚未完全理顺的情况下，和满清讲和，并借助吴三桂的力量，联合清军打击大顺军，实行借虏灭贼的政策，并天真地认为此举可以使清军与大顺军在交战中两败俱伤，而南明朝廷趁机坐收渔利，不失为一种可行之策。事实上不仅仅马士英这样想，就连史可法、刘宗周、黄宗义这些正人君子也同样是如此想的。但他们都没有清楚认识到，现在的南明朝廷面对的最大敌人不是“贼”，而是“虏