清军的战船被一艘艘的击沉，胜利已经开始转向商家军这一边来。
其实清军唯一依靠的就是火船，其他用商船货船改造的战船根本不可能是商家军这样专业战船的对手，因此一但火船战失效了，失败也就是迟早的事情。
结果在第二梯队加入战斗之后，清军很快就招架不住，纷纷败退。而商家军又乘胜追击，俘虏了清军二十余艘战船，终于获得了全面的胜利。
这一战最后的结果是清军一共损失各种战船二百五十七艘，损失兵力达一千一百多人，逃回龙山船厂的战船不足五十艘，而商家军的长江舰队仅仅只损失了四艘驱逐舰，三艘护卫舰，战死一百六十七人，另外还俘虏了二十二艘战船，俘虏清兵四百零七人。
因此在这一战之后，长江舰队不仅仅是报了上一次败阵的一箭之仇，而且重创了清军的水师，重新夺回长江水道的控制权。更为重要的是，长江舰队己经找到了对付火船战术的办法，就算清军的水师还能再凑出一支舰队来，也己经没有办法再制约住长江舰队了。
这时在南京周边的地区中，商家军和清军正在宁国府、镇江两地将持不下，而水战获胜以后，长江舰队立刻乘胜进军，一直杀到南京附近的江面上，第一、三分舰队炮轰南京的金川门，而第二分