重新开通了商贸来往之后，中国每年都可以从日本获取大量的利润，官民都可获利，而如果让日本赔偿，获利的仅仅只是官方，对民间并没有什么好处，而且日本也赔不出多少钱来，相反还会弄得财力衰弱，影响了日本的购买力，做事情讲究细水长流，不做一杆子买卖；三是现在中国己经割让了本州岛岛，这就够说了，如果再要求日本赔偿，难免会进一步引发日本国内的不满，毕竟割让了本州岛岛，和众大名并没有太多的利害冲突，但赔偿则肯定是要摊到每一个大名的头上，这就会引发众怒了。
而中日条约签定了之后，接下来就是对日本各藩大名的重新分封和划分。
徳川家康在取得了日本的统治权之后，通过统计清算，将全日本的土地分为三千万石左右，最初一共分封了二百多个大名，但在德川幕府五十年的统治期间，又以或真或假的罪名，剥夺了其中绝大倍份大名的全部或部分领地，同时又新増了一百五十多个新的大名，使日本大名的总数维持在二百五十致二百八十个之间，其中有亲藩大名二十四个；谱代大名在一百五十个左右；外样大名在一百个左右。
而为了保证徳川幕府在日本的绝对实力和统治地位，属于幕府的直辖领地为六百八十万石，占到了全国总土地的二成强，和