则整编为共和国精英师第十二、第十三师两个番号。山东三个师和两个混成旅整编为三个卫队师。
近畿铁道集团军全编制为：五个共和国精英师（第九、第十、第十一、第十二、第十三），一个战略炮兵旅（一个重炮团、一个常规炮团、一个炮兵后勤团），一个空战混成旅（一个空艇中队、一个飞行中队、一个地勤团），两个充当预备役的卫队师（浙江、山东各一支），一个通讯团，一个铁道后勤团，一个骑兵混成团。
全编制总兵力为九万八千人，是中华民国目前最大的军事编制。
经过协商，吴绍霆暂时委任许崇智为代理总司令兼第九精英师师长，曹锟为总参谋长兼第十二精英师师长。另外第十精英师师长为孙本茂，副师长韩复榘；第十一精英师师长臧文志，副师长陈炯光，师部参谋长孙道仁；第十三精英师师长陈光远，副师长周荫人。
国防部的命令下达之后，许崇智即日着手开始整编，同时派遣代表赶赴江苏、山东两省协调统筹。山东督军靳云鹏并没有意识到近畿铁道集团军成立对自己的影响，反而认为这是自己渗入新国都的机会，再加上冯国璋、徐世昌等人积极策动，他自然而然殷勤配合。
虽然近畿铁道集团军是目前优先整编的部队，但是吴绍霆