色拉寺曾派僧兵随乱军东侵，下令逮捕色拉寺寺主，遭色拉寺僧兵攻击。当天炮击色拉寺，随后色拉寺开寺投降，蒋肇鉴命处死七百三十五名僧兵，逮捕色拉寺寺主等人，砸毁毁灭佛像一千七百余尊，强制命令一千六百余名僧侣还俗。
同日，九世班禅曲吉尼玛于日喀则宣布拒绝前藏统治者达赖十三世进入后藏避难，同时宣布将支持中央对西藏行使主权。不过这曲吉尼玛虽说是有政治远见、顾全大局的，但是对待达赖时却明显表现的太过仁慈，甚至派出扎什伦布寺僧兵两百，一路护送其至大吉岭方才返回。
16日，达赖一系的最后一个支柱哲蚌寺寺主态度遽然软化，亲自往下山往拉萨城见蒋肇鉴表示愿意接受中央委任新任达赖喇嘛，蒋肇鉴不许仍强制令其命僧侣还俗、并解除哲蚌寺武装。当晚集结重兵往根培乌山进军。哲蚌寺服软，下令举寺除百余老僧外，但凡年龄在四十以下僧侣必须还俗，三日内人数一度多达五千七百余人的哲蚌寺全寺只余不足三百僧侣。随后，蒋肇鉴下令制定西藏全省僧侣新规，新规命令日后西藏全省民众皆可信佛，然年龄不足四十不得入寺礼佛，否则当接受三年劳作，消息传出达尔达斯、沃尔宁、卡特拉尔、扎布达四宗表示不满，蒋肇鉴张贴布告以四宗叛国为借口下令