，双方恶战了大半个月之后，在调动近百门火炮的轰击下，西征军依然付出了四千多人死伤的代价艰难的拿下了拉萨城。拉萨城失陷之前，未免被俘后受刑的刚刚回国抵达拉萨还没把屁股坐热的达赖十三世又逃往后藏地区，随后，在付出四个印度营被消灭，一个英国本国军人组成的营部被打残，廓尔喀步枪十团损失过半代价的英国入侵军队开始撤往江孜地区。
12日，西征军统帅季雨霖任命第九旅旅长蒋肇鉴为‘统筹拉萨战后总理官’，责令他的在战中损失惨重的第九旅接管拉萨城防。而季雨霖则分兵两军命令第三团往后藏行军，而其本人亲率第十五师主力往江孜行军驱赶英军，大有出兵藏南的意思。
13日，‘统筹拉萨战后总理官’蒋肇鉴宣布张贴告示判处达赖十三世叛国罪，责令各地驻军、群众任何人得以击杀，可凭其头颅往拉萨领赏十万，消息传出前藏局势不稳，各地寺庙僧兵集结，大有作乱之举。当日，蒋肇鉴派兵包围甘丹寺，命这座曾在达赖作乱期间先后派出五百僧兵支援的寺庙解除武装，寺主不从，当日下午蒋肇鉴命炮击甘丹寺，因甘丹寺修筑于高山上易守难攻，随后下令不留活口放火烧山，大火燃烧五日甘丹寺举寺无一活口。
15日，第九旅包围色拉寺，有鉴于