，皇帝便可顺水推舟。但肃顺果断敢为，“治事严刻”，好用重典，之前曾力主杀死和谈不成的宗室耆英。群臣畏惧肃顺一党的势力，竟然无人敢回答皇帝的话。而肃顺本人又及时站出来，大讲了一通“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习”的道理，要求立即将柏葰正法。咸丰皇帝便不再坚持，准肃顺所请，同意将柏葰“斩立决”。
可怜柏葰素有宽厚谨慎之名，以为至多不过是流放的结果，却等来了斩首的命令。清朝自立国以来二百余年，从无公开处斩宰相之例。此举如同晴天霹雳，不但令柏葰本人震惊，也令朝野侧目。
午后三时，柏葰被押赴北京南城的菜市口行刑，由户部尚书肃顺和刑部尚书赵光监斩。肃顺看到柏葰的囚车到来后，喜笑颜开地迎上前去，说：“七哥来早。”（《清稗类钞》）然后立即升座，催促用刑。柏葰被立即斩首，同考官浦安、兵部侍郎李鹤龄、新中试刑部主事罗鸿禩也被同时斩决。擅改朱卷的同考官邹石麟被革职，永不叙用。副主考户部尚书朱凤标则被革职，未及一年，旋复起用。
当时，柏葰朝中同僚、门生、故吏不但不敢为其求情，甚至没有一人到刑场奠别。刑部尚书赵光还庆幸地说：“此次科场之案，未令刑部会审，予幸以为幸焉。”可见