似乎有满腹心事。没过几天，十一月初六的夜晚，他突然在善缘庵的住处悬梁自尽了。
噩耗传到李毓昌山东老家，家人无不悲痛欲绝。尤其是李毓昌妻子林氏又是伤心又是不解，疑窦丛生：她丈夫秉性刚毅，寒窗苦读，曾多次参加会试，这次好不容易中了进士，金榜题名，又候补了知县，步入了老爷的行列，正是春风得意之际，怎么会突然上吊自杀呢？然而，不解归不解，淮安知府王毂已经以李毓昌自缢身亡定案，她一个妇道人家，又能怎样？眼下还是先办理丈夫的后事要紧。
当年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托从山东赶到山阳，准备迎李毓昌灵柩回乡。山阳知县王伸汉亲自领着李泰清到善缘庵开棺验尸。李毓昌灵柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四面垫起。据王伸汉说，这样做是为了防止尸体腐败。年迈的李泰清为了最后看侄子一眼，不得不踩着板凳俯视棺材，只见李毓昌面色惨白如纸，眉目模糊不清。李泰清一时悲从心来，实在不忍心再看。于是就此盖棺。王伸汉还特意送给李泰清白银一百五十两作为路费，表示对李毓昌壮年而逝的同情。
当时正值冬季，寒风凛冽。李毓昌灵柩运抵老家山东即墨后，因天寒地冻，便暂时搁置在李氏堂屋中，预备等到春天凝土解冻后再行